Перейти к содержимому
UzScite
  • НСИ
    • Новости События
    • Методическая информация
    • Нормативные документы
  • Каталог журналов
  • Указатель авторов
  • Список организаций

Сравнительный анализ точности kNN-QSAR и OCHEM моделей в прогнозировании активности химических соединений

Адылова Ф.Т.

Давронов Р. Р.

Проблемы вычислительной и прикладной математики

  • № 2(14) 2018

Страницы: 

114

 – 

121

Язык: русский

Открыть файл статьи
Открыть страницу статьи в Интернет

Аннотация

Модели, разработанные с помощью метода kNN-QSAR, показали самую высокую прогностическую силу по сравнению с 9 моделями OCHEM для протестированных данных на обучающей, тестовой и внешней выборке. Дополнительно включенная проверка на областях применимости моделей также продемонстрировала высокие качества моделей прогноза активности, построенных методом kNN-QSAR. Наши исследования позволяют сделать вывод о том, что при наличии достаточного количества данных и строгой проверки, модели kNN-QSAR должны быть выбраны в качестве предпочтительного инструмента виртуального скрининга.

compared to the 9 OCHEM models for the tested data on the training, test and external samples. Additionally included testing on model applicability areas also demonstrated the high quality of the activity forecast models constructed using the kNN-QSAR. Our studies allow us to conclude that if there is enough data and strict verification, the kNN-QSAR models should be chosen as the preferred virtual screening tool.

Список использованных источников

  1. Kapetanovic I. M. Computer-aided drug discovery and development (CADDD): in silicochemico- biological approach // Chem Biol Interact, 2008. №171. С. 165–176. doi: http: //dx.doi.org/10.1016/j.cbi.2006.12.006.
  2.  Tropsha A., Golbraikh A. Predictive QSAR modeling workflow, model applicability domains, and virtual screening // Curr Pharm Des, 2007. №13(34). С. 3494-504.
  3.  Keiser M. J. et.all. Relating protein pharmacology by ligand chemistry // Nat Biotechnol, 2000. Т. 25. №2. С. 197–206. doi: http://dx.doi.org/10.1038/nbt1284.
  4.  Lagunin A., Stepanchikova A., Filimonov D., Poroikov V. PASS: prediction of activity spectra for biologically active substances // Bioinformatics, 2000. Т. 16. №8. С. 747–748. doi: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/16.8.747.
  5.  Luo M., Wang X. S., Tropsha A. Comparative Analysis of QSAR-based vs. Chemical Similarity Based Predictors of GPCRs Binding Affinity // Molecular informatics, 2016. Т. 35. №1. С. 36–41. doi: http://dx.doi.org/10.1002/minf.201500038.
  6.  Sushko I. et.all. Online chemical modeling environment (OCHEM): web platform for data storage, model development and publishing of chemical information // J Comput Aided Mol Des, 2011. Т. 25. №6. С. 533–554. doi: http://dx.doi.org/10.1007/s10822-011-9440-2.
  7.  Адылова Ф.Т., Давронов Р. Р., Жамилов У.У., Муродов Ш.Н. Оценка эффективности подхода kNN-QSAR моделирования в хемоинформатике // Доклады Академии наук Республики Узбекистан, 2017. №4. С. 3–6.
  8.  Golbraikh A., Tropsha A. Beware of 𝑞2! // Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2002. Т. 20. №4. С. 269–276. doi: http://dx.doi.org/10.1016/S1093-3263(01)00123-1.
  9.  Netzeva T. I. et.all. Current status of methods for defining the applicability domain of (quantitative) structure-activity relationships // Altern Lab Anim, 2005. Т. 33. №3. С. 155– 173.
  10.  Zhu H. et.all. Combinatorial QSAR Modeling of Chemical Toxicants Tested against Tetrahymena pyriformis // J Chem Inf Model, 2008. Т. 48. №4. С. 766–784. doi: http: //dx.doi.org/10.1021/ci700443v.
  11.  Tetko I. V. et.all. Can we estimate the accuracy of ADME-Tox predictions // Drug DiscoVery Today, 2006. №11. С. 700–707. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis. 2006.06.013.
  12.  Tetko I. V. et.all. Critical Assessment of QSAR Models of Environmental Toxicity against Tetrahymena pyriformis: Focusing on Applicability Domain and Overfitting by Variable Selection // J Chem Inf Model, 2008. Т. 48. №9. С. 1733–1746. doi: http://dx.doi.org/ 10.1021/ci800151m.
  13.  Tropsha A., Gramatica P., Gombar V. K. The importance of being earnest: Validation is the absolute essential for successful application and interpretation of QSPR models // 120 Adilova F. T., Davronov R. R. Molecular informatics, 2003. Т. 22. №1. С. 69—77. doi: http://dx.doi.org/10.1002/qsar. 200390007.
  14.  Todeschini R., Consonni V. Handbook of Molecular Descriptors. —Weinheim: WILEYVCH, 2000. 667 с.
  15.  Адылова Ф.Т., Жамилов У.У., Давронов Р. Р., Муродов Ш.Н., Азаматов А. А. Про- гноз ЛД50 активности алкалоидов гармалы обыкновенной хиназолиного, хиназолоного строения и их производных на основе QSAR моделей // Кимёвий технология назорат ва бошқарув, 2015. №5. С. 21–27.

Список всех публикаций, цитирующих данную статью

Copyright © 2025 UzScite | E-LINE PRESS